本文将生均财政收入作为公平输入指标单独列出，充分考虑教育资源配置效率优先和生均财政收入尽量公平的原则，对DEA-CCR效率模型进行改进，再结合基尼系数公式，构建了适用多输入多输出、效率优先兼顾公平的分步骤、综合测度方法。并应用该方法研究了浙江省高职教育资源配置效率与公平的权衡，探究办学水平和办学性质对其的影响。研究发现：第一，浙江省高职教育存在生均财政收入差距较大，部分学校教育资源配置效率非DEA有效等问题；第二，在效率优先的前提下，通过调整学校生均财政收入，能实现效率优先兼顾公平的目标，且这种兼顾并不是非此即彼的让度或牺牲，而是相互促进的良性关系；第三，办学性质显著影响教育资源配置的公平与效率及其模拟调整。建议建立公共财政资助民办高职教育的常态机制，强化完善竞争和绩效为导向的财政拨款制度，以改善公平、提高效率、实现效率优先兼顾公平。