十八大以来，在习近平总书记提出“反腐倡廉”、“八项规定”的时代背景下，教育部于2012年底颁布三项政策规定，明确提出“将横纵向经费都纳入学校财务管理体系”、“横向经费等同于国有资产管理”，不断规范教育部直属高校科研经费的管理，对于高校科研经费的使用进行了多项限制。本文以此政策作为自然实验，选择73所教育部直属高校2008-2016年的面板数据，采用比较间断时间序列（CITS）的分析方法，评估政策规范化后是否降低了科研工作者对科研经费的申请意愿，从而影响科研经费中横向经费的收入及其占比，重点关注政策实施前后纵向经费与横向经费的不同变化趋势。研究发现，政策的规范化对横向经费的金额与占比有显著的影响，其每年显著降低5%与2.8%，且下降速度远高于政策实施之前。此外，“985”高校与非“985”高校对于该政策的反应并无显著差异。