父母家庭角色的不同会导致对子女发展呈现不同的影响，流动儿童亲子分离模式的特殊性为我们研究父亲和母亲对子女影响的差异性提供了良好的准实验场景。基于2016?2017年对北京市功能拓展区40所小学160个班2367名四年级流动儿童的调查数据，本文从学业表现、非认知发展和体质健康三个维度探讨了亲子分离对子女发展的影响。数据的描述性统计发现，样本中流动儿童有7.01%与父亲分离，4.48%与母亲分离。基于似不相关的回归结果表明，与母亲分离显著负面影响子女的学业表现和体质健康，而与父亲分离则显著不利于子女非认知能力的发展。异质性的分析结果显示，与母亲分离对男生的学业成绩影响要大于女生，但与父亲分离对女生的非认知影响要大于男生。因此，本文的结果在一定程度上证实了家庭结构中父亲和母亲对子女发展起到了不同的作用，缺少任何一方都不利于子女“德智体”的全面发展。最后，就研究结果本文提出了相关政策建议。