生源地助学贷款是我国高校助学贷款的主要模式。在财政供需矛盾凸显的背景下，对其运行成本进行核算和分析具有重要的理论和实践意义。生源地助学贷款运行成本产生于多个部门，且部分缺乏会计记录。借助作业成本法的理念，我们从流程和部门两个维度构建生源地助学贷款运行成本的核算框架，确定具体核算方法，对案例县的运行成本进行核算和成本效益分析。研究结果为生源地助学贷款的高覆盖和低违约需要大量成本支撑提供了初步证据，为生源地助学贷款的成本控制提供了可行路径。生源地助学贷款的成本核算方法亦可为多部门联动项目如精准扶贫、公共卫生事件等项目的成本核算提供思路参考。